Muzeum spravuje v historickém jádru Plzně čtyři objekty: hlavní budovu v Kopeckého sadech (patří k nejkrásnějším dominantám města), Národopisné muzeum Plzeňska, Muzeum loutek a Muzeum církevního umění plzeňské diecéze.
Od 1. ledna 2015 spadá pod jeho správu rovněž Muzeum Dr. Bohuslava Horáka v Rokycanech, národní technická památka Vodní hamr Dobřív a Pamětní síň Jindřicha Mošny.
Muzeum celoročně zpřístupňuje celou řadu expozic. V hlavní budově najdete největší dochovanou historickou zbrojnici v ČR nebo moderní expozice Archeologie a Historie.
Muzeum loutek s celou řadou interaktivních prvků ocení nejvíc vaše děti. Expozice mapuje historii plzeňského loutkářství způsobem, který dokáže pobavit i zaujmout.
Muzeum církevního umění vzniklo v prostorách bývalého františkánského kláštera. Tvůrcům expozice se podařilo do původních gotických interiérů citlivě zasadit dlouhý výčet uměleckých děl, z nichž mnohé lze považovat za unikáty evropského významu.
Neopakovatelnou atmosféru může nabídnout původní národopisná expozice v Národopisném muzeu Plzeňska, kterou před 100 lety vytvořil Ladislav Lábek, jedna z nejvýraznějších osobností českého muzejnictví.